丁汝昌是北洋水师提督，相当于北海舰队司令，不是海军总司令。当时南洋和北洋舰队分属南洋和北洋总督管辖，没有专门的海军部和作战司令部
1895年甲午战争失败后，清廷解散了海军
1、1896年1月21日，直隶总督王文韶调黄遵宪总办北洋水师营务处事宜，重建海军
黄遵宪属于第一任海军司令
2、1899年4月17日，清政府重新起用原北洋海军将领，任命叶祖珪为北洋水师统领，萨镇冰为帮统，负责整顿北洋海军
3、1905年1月18日，清政府采纳南洋大臣兼两江总督周馥的建议，委派北洋海军兼广东水师提督叶祖珪总理南北洋海军，统一督办各水师学堂及各地船坞等；7月29日，叶祖珪在上海去世，萨镇冰接任提督职务；
4、1907年5月，清朝陆军部中设立了海军处，将原练兵处军学司的水师科和工部的船政事宜并入。海军处设正、副使各1人。正使虚位，谭学衡任副使，主持处务。
5、1909年7月15日，清政府任命载洵、萨镇冰为筹办海军大臣
6、民国时期海军司令
黄钟瑛 福建福州人1912.01.01任
黄钟瑛 福建福州人1912.03.30任
李鼎新 福建福州人1912.04.11任
程璧光 广东中山人1917.06.24(未到任)
刘冠雄 福建福州人1917.07 兼代
饶怀文 福建福州人1917.07.23署
蓝建枢 福建福州人1918.03.28任
李鼎新 福建福州人1921.07 兼代
蒋 拯 福建福州人1921.08.28任
杜锡珪 福建福州人1923.11.17任
杨树庄 福建福州人1925.02.06任
(1927年3月14日，民国海军整建制归入中国国民革命军)
杨树庄 福建福州人1927.03-1929.04(改海军部部长,1932.01辞职;陈绍宽继任)
陈绍宽 福建福州人1938.01-1945.12.26(1938.01海军部改组为海军总司令部)
(1945.12.31海总司令部解散,改设海军处;1946.07海军处扩编为总司令部)
陈 诚 浙江青田人1946.07.01-1948.08.25
桂永清 江西贵溪人1948.08.25-1952.04.15
