主要区别是，性质不同、结构不同、特点不同，具体如下：
一、性质不同
1、三厢车
三厢车是指车身结构由三个相互封闭用途各异的“厢”所组成的车。
2、两厢车
两厢车是指将驾驶室和后备厢做成同一个厢体，所组成的车。
二、结构不同
1、三厢车
三厢车分别为前部的发动机舱、车身中部的乘员舱和后部的行李舱。
2、两厢车
两厢车是将乘员舱近似等高度向后延伸，把后行李舱和乘员舱合为一体，使其减少为发动机舱和乘员舱两“厢”，车后面没有突出的后备行李舱部分。
三、特点不同
1、三厢车
三厢式轿车中间高两头低，从侧面看前后对称，造型美观大方。三厢式小轿车的缺点是车身尺寸长，在交通拥挤的大城市里行驶及停泊不是很方便。
2、两厢车
两厢车尾部有宽敞的后车门，使这种汽车具备了使用灵活、用途广泛的特点。放倒放平，后排座位，就可以获得比三厢车大得多的载物空间，可用来运送许多大型家电和家庭用品。
参考资料来源：百度百科-三厢车
参考资料来源：百度百科-两厢车
