从板块构造学说的观点，日本位于亚欧板块和太平洋板块的消亡边界，为西太平洋岛弧-海岸山脉-海沟组合的一部分。全国68%的地域是山地。日本最高的山是著名的富士山，海拔3,776米。由于平原较少，日本很多山上都种植农作物，最大的平原为关东平原。日本位于环太平洋火山地震带，全球有十分之一的火山位在日本，在全国都时常会发生火山活动。严重的地震则每一个世纪都会发生几次；近年发生的阪神大地震、新潟县中越地震都是芮氏地震规模6级以上的强震，受到世界各国关注。日本的温泉很多，并且已经发展成为旅游景点。
由于日本的岛屿呈北东向延伸得很长，南北跨越纬度约20度，因此有许多种气候类型。气候类型大部分是温带季风气候，南部的九州岛、四国、琉球群岛（归属存在争议）有副热带季风气候。北部的岛屿夏天温暖，冬天则十分漫长、寒冷，还时常有大量降雪。而中西部地区则冬天比较干燥，很少下雪，夏天潮湿。
日本是岛国，又深受黑潮影响，海洋性气候显着。
三月至四月是春季，五月至九月初是夏季，九月至十一月是秋季，十一月底至二月是冬季。盛夏至初秋常受台风侵袭。
