按照《工资支付暂行规定》 第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的２０％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
楼主单位做法显然不合法。
首先要看是否给单位造成一定损失。
其次看单位规章制度。
就算扣工资也不得超过月收入20%（不是基本工资）
如果没超过20%，所扣后月收入也不得低于当地最低工资标准，不足的予以补足。
如果造成损失工资不足以补偿的可每月扣除一定数额，累积计算
