一、外形特征不同
1、大草履虫：大草履虫的身体呈圆筒形，前端较圆，中后部较宽，后端较尖，外形很像一只倒放着的草鞋。
2、双小核草履虫：双小核草履虫长80－170微米，形似尾草履虫，但后部较前部更宽，后端锥形，顶角近90度。有伸缩泡两个，收集管较短。有两个小核，很小，泡型。
二、细胞核不同
1、大草履虫：通常为一个细胞核，也有两个或多个小核的。
2、双小核草履虫：有两个小核，很小，泡型。
三、伸缩泡数量不同
1、大草履虫：只有一个伸缩泡。
2、双小核草履虫：有伸缩泡两个，收集管较短。
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