从12世纪之末起，武士们掌握了各级政府，1192—1867年，将军们实行“幕府”制，操纵天皇，独揽大权。幕府制又引发了军阀割据，“地头”们分别统治各大地区和领地。他们互相斗争，甚至导致15世纪中叶—16世纪中叶长达百年的“战国时代”。和这个历史情况相应，在佛教建筑中也不再有占主导地位的风格，兴起了地方风格。13至14世纪，地方风格冲破了陈陈相因的沉闷传统，使佛教建筑一度出现生气勃勃的景象。这时佛教建筑中的主要流派有“和式”（或称“日本式”），“唐式”（或称“禅宗式”）、“天竺式”（或称“大佛式”）和“折衷式”。但其实这些建筑流派都来自中国。和式，主要继承飞鸟时代和奈良时代的中国唐代建筑样式，加入一些早期神社建筑的因素。代表作是奈良的唐招提寺鼓楼（1240）和京都的莲花王院本堂（1266）。唐式是新从中国南方江苏、浙江一带传来的宋代建筑样式。首先是整体布局，依对称轴线顺次排列山门、佛殿、法堂等，左右有钟楼、经藏、禅堂、方丈等。其次是斗拱有下昂、用重拱，大多为计心造。补间铺作很整齐。用料小了一些。第三是常用花头窗、花头门和槅扇。第四是翼角起翘比较大，角椽作扇形排列，不像早期那样平行排列而把后尾架在角梁上。典型的例子有神奈川县的圆觉寺舍利殿（1285）。天雪式是中国浙江南部和福建的地方风格，特点主要是构架近似川斗式，斗拱多为丁头拱（又叫插拱），全部偷心，重叠可多达6层。没有飞檐椽，内部采用彻上露明造。代表作品是奈良市东大寺的南大门，它的檐柱高达19米左右，檐口出挑6米，极其雄伟壮观。因为唐式用材比较省，流行广一点，天空式虽然构架的整体性强，但需要大量大木料，所以不能广泛流行。
13至14世纪，正是第一个幕府时代，叫镰仓时代（1192—1333），后来紧接的是室町时代（1338—1573）。这两个时代里，佛教盛行从中国传去的禅宗，讲究空灵颖悟、通脱不拘，所以这些流派的建筑也都简约素朴，不事浮华，和平安时代的阿弥陀堂大异其趣。
16世纪中叶，战国时代结束，国家重新统一，到16世纪末，开始了一个短暂的桃山时代（1573—1614）。桃山时代和后来的江户时代（1615—1867），日本的政治稳定，市场经济大发展，城市繁荣。这期间佛教建筑又有一个高潮，建造了一些大型的庙宇，如重建的奈良东大寺的大佛殿（金堂）（1696—1708），面阔七间（56.81米），高44.24米。但这时候，世俗文化已经取代佛教成为主要的文化潮流，世俗建筑的重要性也取代了佛教建筑，因此，佛教建筑失去了作为建筑文化代表者的地位。寺院本身的型制和风格也进一步世俗化了。17世纪中叶，又从中国南方传来了佛教的黄檗宗，跟着就传来了中国南方的建筑样式。翼角起翘很大，屋脊正中饰火焰宝珠，两端饰鸱吻，稍间前檐常用圆洞窗等。典型的例子是京都的万福寺和长崎的崇福寺。
尽管经历了本土化，日本的佛教建筑基本上是中国式的，但日本的世俗建筑却逐渐产生了自己的型制，而与中国的大不相同。世俗建筑，主要是住宅，服务于日常生活，和日常生活的关系十分密切。它们既要在可能条件下满足生活的需要，一般说来，又不能不考虑节俭。因此，和宗教建筑相比较，它们不大墨守陈规，而能适时变化，越变越便于实用，越富有平素家居的温馨气息。
古代和中世纪的日本府邸主要有四类。一类是8—11世纪上层贵族府邸的“寝殿造”。一类是16—17世纪武士豪绅府邸的“书院造”。这两类之间有一个过渡型制，叫“主殿造”，17世纪之后，又产生了一种“数寄屋风”的书院造。再以后便是现代的和风住宅了。
寝殿造如同平等院凤凰堂，中国建筑的影响很明显。它们的独特之处在于总体布局不取内院式。中央有一幢正屋叫寝殿，两侧各有厢房叫东对、西对，其间连接的游廊叫渡殿。更复杂一点的，在厢房前再伸出叫中廊的游廊，连接池沼岸边的亭阁，或是钓殿，或是泉殿。中廊的中段有四脚门，叫东中门和西中门，是主要的门户。寝殿造有对称轴线而不严谨，左边或者右边可以多一些建筑或者少一些。
