复杂性不同
自然界包括无生命、无意识的物理世界、化学世界以及有生命、低意识的生命世界。相对于人类社会来说，属于简单的，低级的运动形态。
人类社会是由有生命、有意识、有感情的不同类型的人组成的。相对于自然界来说，属于复杂的，高级的运动形态。
人文社会现象比自然现象更为复杂表现在许多方面，其中因果关系的多元性就是重要的一个方面。科学研究的一个重要任务就是寻找事物之间的因果关系。在自然界，事物的因果关系比较简单，而在人文世界，事物的因果关系相当复杂。一种事物，一般情况下由多种因素所决定及影响，而且，常常变化不定。因此，人文社会科学的理论不像自然科学理论那样精确、准确，预见性较差。
集团（或阶级）利益对科学研究的影响不同
自然科学反映的是自然界运动的客观规律性。这些规律性是不以人的意志或意识转移的。除了在特定的历史时期，自然科学的研究，一般不受集团（或阶级）利益的影响。人文社会科学的研究对象是由不同类型人群组成的社会。这种研究对象本身就包括个人的或阶级的或国家的利益，欲望、观念、信仰……，同时，又受研究者本人的观念，信仰及所处社会环境之影响，因此，人文社会科学不像自然科学那样客观，因而比较强烈地受到个人的、阶级的、国家的意志或意识的影响。因此，人文社会科学经常出现“公说公有理，婆说婆有理”的情况。一般来说，侧重研究个体活动的人文科学客观性大一些，而侧重研究群体活动的社会科学主观性强一些。
