短棒石斛是草本植物。茎肉质状，近扁的纺锤形，长8-15厘米，中部粗约1.5厘米，不分枝，具多数钝的纵条棱和少数节间。叶2-4枚近茎端着生，革质，狭长圆形，通常长10-12厘米，宽1-1.5厘米，先端稍钝并且具斜凹缺，基部扩大为抱茎的鞘。
总状花序通常从落了叶的老茎中部发出，近直立，长12-15厘米，疏生2至数朵花；花序柄基部被2-3枚膜质鞘；花苞片浅白色，小，卵形，长约5毫米，宽3毫米，先端锐尖；花梗和子房淡黄绿色，长约2厘米；花金黄色，开展；中萼片卵状披针形，长1.2厘米，中部宽5毫米，先端急尖，具3条脉；侧萼片与中萼片近等大；萼囊近长圆形，长约4毫米，末端圆钝。
花瓣卵状椭圆形，长1.5厘米，宽9毫米，先端稍钝，具4条脉；唇瓣的颜色比萼片和花瓣深，近肾形，长2厘米，宽2.5厘米，先端微凹，基部两侧围抱蕊柱并且两侧具紫红色条纹，边缘波状，两面密被短柔毛；蕊柱金黄色，长约4毫米；药帽多少呈塔状，前端边缘近截形并且有缺刻；药床宽阔，其两侧上缘具不整齐的细缺刻。花期3-5月。
