海峡属热带气候，位于南印度洋副热带高压脊和赤道低压之间，受东南信风控制，并受北印度洋季风影响。南部，全年盛行东南信风,风力稳定，月平均风速在6米/秒以上。北部，12至翌年2月，受北印度洋冬季季风影响，盛行东北风，月平均风速为5-6米/秒；3月和11月，风向多变,风力较小；但7-8月可达7-8米/秒。海峡终年少大风，6级（10.8-13.8米/秒）以上大风频率不到10%，8级（17.2-20.7米/秒）大风频率仅1%。12至翌年3月有热带气旋过境，但为数甚少。 气温北高南低，2月分别为28C和27℃，8月为25℃和22℃。气温年较差南大（5℃以上）北小（不到4℃）。年降水量北多南少。东北岸的马任加为1553毫米，海峡南部的尤罗帕岛为553毫米。西岸的克利马内为3000毫米，马普托为750毫米。降水量1-2月最多，约占全年总降水量的30%，8-11月最少。
