EM菌在鱼缸中需要正确的使用才能使得其发挥最大的效果。
我的用法是这样的：
1.EM菌的使用需要配合上滤设备，如下图这种的
在这个滤材盒里面需要添加必要的滤材，以配合EM菌中有益菌种的生长。
2.细菌屋是必须的，我所选用的细菌屋是如下图的陶管，体积小并且要多孔，主要是在滤材盒最底部铺上一层，并在鱼缸底部适当放上一些(未必需要铺一层)
在滤材盒中，陶管的上面需要铺上一层过滤材料，我选用的是比较好的三层滤材(主要过滤一些鱼粪等杂质，毕竟细菌的消化能力也是有限的)
3. 当这些都准备好后，就可以开缸了，开缸很简单，先将鱼缸放满水，然后让其静置两天，主要是除去水中氯气。之后，关键来了，益富源EM菌并不是直接倒入鱼缸，而是将EM菌液加少量水后，均匀的撒入滤材盒里面，并且打开上滤，让鱼缸的水通过上滤流动起来。这一过程是为了让EM菌先在滤材盒中扎根繁殖。当EM菌和上滤设备开始工作24小时以后，便能放入需要养的鱼，并且正常喂食了。EM菌我选用的是益富源EM原液，因为使用方便
4.平时在喂鱼的时候，也能添加EM菌(有益菌在鱼肚子了生存更好，可以使鱼进食更加活跃，并且消化的更加彻底，同时增进了鱼的抵抗了)，方法就是将需要投喂的鱼食放在小杯里，倒入1/3稀释的益富源EM菌原液，搅拌并且静置20分钟，待鱼食吸收了EM菌液后，投喂鱼食。注意，投喂鱼食的时候请关闭上滤，待鱼吃完后，按照需要再开。一般刚开始，我是每天晚上开。之后则是隔几天晚上开一次。
5.待一个月后，基本鱼缸微生态就成型了。之后打氧和开上滤是必须的，滤材盒中的滤材只需要清洗三层滤材中的最上层那个白色的即可，其它不用清洗。可以完全不用换水。不过，即便不用换水，我也会定期抽一点鱼缸底部的水出来，因为这个水用来浇花非常合适，在清洁了底部未被上滤吸掉的鱼粪的同时，还能将水中的已经成活繁殖的EM菌和硝酸盐等成分带到植物的土壤中，真是一举多得。在抽掉水后，需要加入新的水，新加的水必须是静置几天除氯的。而在新加水的时候，这天投喂的鱼食就可以通过EM菌处理，来增加水中EM菌的平衡数量。
