你例子中的代码我并没有看出有什么需要二维数组的地方，两个一维数组就行了啊。我写给你看一下
$szy = array();
$sql = "select x, y from data";
$res = mysql_query($sql);
while($row = mysql_fetch_array($res)) {
$szx[] = $row['x'];
$szy[] = $row['y'];
}
$arrxjs = json_encode($szx);
$arryjs = json_encode($szy);
至于你的代码的问题如下
$sql6="selectx,yfromdata;";里面最好不要有分号，$sql6="selectx,yfromdata";就行了
mysql_query($sql6);你写成了mysql_query($res6)
$szx[i][]应该修改为$szx[$i][];
array_push($szx[$i],'值')和$szx[$i][]='值'是等价的，因此你连用它们会导致$szx变成三维数组，正确为array_push($szx[$i],$row['x'])或者$szx[$i][]=$row['x'];
$arrxjs和$arryjs只要在while循环外执行一次就行了
for循环没什么意义吧，我没看到你使用$j啊。或者你贴的代码不全
