分公司没有独立承担责任的能力，除非是子公司，当然应该告总公司。但是像银行、保险这类的大公司，也可以直接告分行、支行之类的分支机构。
管辖有很多规定，如果标的额足够大，就应该是由中级法院管辖，如果是合同，不但可由被告住所地管辖，也可由合同履行地管辖等等。你最好去看看民事诉讼法和最高院关于民事诉讼法的意见，以你纠纷的性质来确定对你有利的法院管辖。
至于注册地和经营场所不一致的问题，民诉法意见第4条规定：法人的住所地是指法人的主要营业地或主要办事机构所在地。所以两个应该都可以。如果注册地法院认为不该管辖也可以直接移送到经营场所所在地法院的。
