区别：
1、所覆盖的对象不同。
职工医疗保险是城镇所有用人单位都要参加。乡镇企业及其职工、城镇个体经济组织业主及其从业人员是否参加基本医疗保险，由各省、自治区、直辖市人民政府决定。
新农合必须是有农村户口才可以办理。
2、缴费主体不同。
职工医疗保险是指国家通过立法强制规定，用人单位和社会成员个人共同缴纳医疗保险费，建立医疗保险基金。
新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。
3、缴费方式不同。
医疗保险具有强制性，是单位和职工共同缴纳的，并需要缴纳时间达到一定的年限。
新型农村合作医疗是农民自愿参加，而且必须以家庭为单位整户参加，且需要每年办理参保缴费手续。
4、报销范围不同。
新农合在农村乡镇医院的报销比例较高，到市级以上医院报销比例相对社保较少，但两者都是随着医院的级别升高而降低。
5、报销比例不同。
职工基本医疗保险参保人拥有个人账户，定期会有费用划入，报销比例较高，有起付标准，限额较高，医疗费不封顶。职工基本医疗保险参保人员完成缴费年限后可以终身享受。
新型农村合作医疗没有个人帐户，报销比例也比职工基本医保要低，限额较低，并且是一年一参合，参合本年度享受的报销。
扩展资料：
医疗保险，传统意义上就是指由特定的组织或机构经办，通过带强制执行的政策法规或自愿缔结的契约，在一定区域的一定参保人群中筹集医疗保险基金。
作用
一、有利于提高劳动生产率，促进生产的发展。
医疗保险是社会进步、生产发展的必然结果。反过来，医疗保险制度的建立和完善又会进一步促进社会的进步和生产的发展。一方面医疗保险解除了劳动者的后顾之忧，使其安心工作，从而可以提高劳动生产率，促进生产的发展；另一方面也保证了劳动者的身心健康，保证了劳动力正常再生产。
二、调节收入差别，体现社会公平性。
医疗保险通过征收医疗保险费和偿付医疗保险服务费用来调节收入差别，是政府一种重要的收入再分配的手段。
三、维护社会安定的重要保障。
医疗保险对患病的劳动者给予经济上的帮助，有助于消除因疾病带来的社会不安定因素，是调整社会关系和社会矛盾的重要社会机制。
