一、指代不同
1、内部控制：是指一个单位为了实现其经营目标，保护资产的安全完整，保证会计信息资料的正确可靠，确保经营方针的贯彻执行，保证经营活动的经济性、效率性和效果性而在单位内部采取的自我调整、约束、规划、评价和控制的一系列方法、手段与措施的总称。
2、控制测试：指用于评价内部控制在防止或发现并纠正认定层次重大错报方面的运行有效性的审计程序。
二、特点不同
1、内部控制：内控的目标是强制性的，措施是防御性的。所以COSO（美国反舞弊性财务报告委员会发起组织）的报告里写到“再好的内部控制体系，它不能够把一个劣迹斑斑的或没有经营智商的管理层变成一个非常有经验、头脑和能力的管理层。
2、控制测试：控制运行有效性强调的是控制能够在各个不同时点按照既定设计得以一贯执行，这与“了解内部控制”不同。在了解内部控制确定控制是否得到执行时，只需要确定某项控制是否存在，被审计单位是否正在使用。
三、作用不同
1、内部控制：握先进的内部控制、风险管理、职业舞弊及内部审计等理论掌握快速诊断企业内部控制缺陷的方法，评价内部控制的效果并进行改进提升管理层对内部控制自我评估的能力，建立有效的内部控制环境明确如何结合企业自身特点、建立适合企业自身情况的内部控制系统。
2、控制测试：在所审计期间，注册会计师拟信赖控制运行有效性的时间长度。拟信赖控制运行有效性的时间长度不同，在该时间长度内发生的控制活动次数也不同。注册会计师需要根据拟信赖控制的时间长度确定控制测试的范围。拟信赖期间越长，控制测试的范围越大。
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