武警部队的机动师是在1996年由解放军的14个乙种步兵师改编的，属于内卫部队序列，直接隶属武警总部。也是从这一年开始武警部队开始扩充兵力，除增加了机动师外，各省、自治区、直辖市的内卫总队逐步升格为副军级单位（其中北京总队为副大军区级、新疆总队为正军级），武警总部升格为正大军区级单位，武警开始有上将了。也是在这一年开始，武警总部脱离公安部建制（列入武警序列的公安现役部队[即消防、边防、警卫部队]仍属于公安部领导），直接属于国务院序列，实行国务院、中央军委双重管理的体制。
虽然内卫部队在执行维护社会治安、平息社会骚乱和抓捕歹徒等任务时受公安机关的统一指挥，但公安机关对内卫部队没有直接下达命令的权利，各地方如果需要只能少部分调动内卫部队，而且各地市使用武警支队时要报总队批准，如果要大规模的调动、使用内卫部队，特别是使用机动师必须报国务院、中央军委批准。
武警机动师已经属于武警部队序列，和解放军各大军区没有关系。
