现代U盘的主流文件系统格式有三种：FAT32、NTFS、exFAT。它们的区别如下：
1、磁盘分区容量区别
NTFS可以支持的分区(如果采用动态磁盘则称为卷)大小可以达到2TB（2048GB）。
FAT32支持分区的大小最大为32GB。
exFAT单个文件大小最大可达16EB。
2、安全方面区别
针对电脑用户对该格式下所有的文件夹、文件进行加密、修改、运行、读取目录及写入权限的设置。
FAT32文件安全设置：不支持
NTFS文件安全设置：支持
exFAT文件安全设置：不支持
3、磁盘配额的区别
针对一台电脑有多个用户使用时，而作为系统管理员，可以给用户设置不同的磁盘空间容量，被设置用户只能使用这个被限额的磁盘空间。
FAT32磁盘配额：不支持
NTFS磁盘配额：支持
exFAT磁盘配额：不支持
4、系统文件压缩的区别
针对磁盘分区中任意文件中右键属性，我们在高级属性窗口中可以设置给单个文件或整个文件夹压缩，压缩之后可以一定程度上节省占用磁盘空间的容量大小。
FAT32系统文件压缩：不支持
NTFS系统文件压缩：支持
exFAT系统文件压缩：不支持
扩展资料：
FAT32、NTFS、exFAT的优缺点：
1、FAT32文件系统优缺点:
优点：
突破了FAT对每一个分区的容量只有2GB的限制，可以支持大到2TB（2048G）的分区。在不超过8GB的分区容量下，每个簇的容量都固定为4KB，与FAT16相比，可以大大减少磁盘的浪费，提高磁盘利用率。
缺点：
用FAT32格式分区的磁盘，由于文件分配表的扩大，运行速度比采用FAT16格式分区的磁盘要慢，且DOS系统和某些早期的应用软件不支持这种分区格式。
另外还有一个致命的缺点让FAT32逐渐被淘汰，这就是FAT32的单个文件最大只能支持4GB。现在已经进入高清时代，720P和1080P高清视频文件都很容易超过4GB，因此FAT32已经走向没落。
2、NTFS文件系统优缺点:
优点：
NTFS分区具有极高的安全性和稳定性，在使用中不易产生文件碎片。
它能对用户的操作进行记录，通过对用户权限进行非常严格的限制，使每个用户只能按照系统赋予的权限进行操作，充分保护了系统与数据的安全。
另外对大部分用户而言，NTFS最直观的优点是，单个文件的大小突破了FAT32的4GB的限制。
缺点：
NTFS虽然有诸多优点，但这些都是针对传统机械硬盘而设计的，对于新兴的Flash闪存材料不一定适用。
NTFS分区是采用“日志式”的文件系统，因为要记录磁盘的详细读写操作，对U盘这种闪存储介质会造成较大的负担，比如同样存取一个文件或目录，在NTFS系统上的读写次数就会比FAT32来得多，理论上NTFS格式的U盘比较容易损坏，而且400MB以下的分区也比FAT16更浪费空间。
3、exFAT文件系统的优缺点：
优点：
分区大小和单文件大小最大可达16EB（16×1024×1024TB）；簇大小非常灵活，最小0.5KB，最高达32MB；采用了剩余空间分配表，空间利用率更高；同一目录下最大文件数可达65536个；支持访问控制；支持TFAT(WINCE早期文件系统)。
可以看出，ExFAT就是闪存专用的文件系统，只有U盘和存储卡才能格式化成exFAT，传统硬盘是无法格式化成exFAT格式的，因为exFAT的特性其实并不比NTFS强，但却比NTFS及FAT32更适合闪存使用。
缺点：
exFAT作为一种全新的文件系统，在电脑上的兼容性却不太好，对于旧一点的系统，如XP默认都不支持exFAT，XP需升级至SP3补丁。当然微软也提供了exFAT的单独更新文件，Win7以上默认支持。
参考资料来源：
