主要区别有，生物分类不同、形态特征不同、生活习性不同，具体如下：
一、生物分类不同
1、蝙蝠
蝙蝠属于哺乳纲、动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门。
2、鸟类
在分类学上，鸟类都属于鸟纲，属于动物界、脊索动物门、脊椎动物亚门之下。
二、形态特征不同
1、蝙蝠
蝙蝠的翼是在进化过程中由前肢演化而来，是由其修长的爪子之间相连的皮肤（翼膜）构成，蝙蝠的吻部像啮齿类或狐狸。外耳向前突出，很大，而且活动非常灵活。蝙蝠的颈短，胸及肩部宽大，胸肉发达，而髋及腿部细长。除翼膜外，蝙蝠全身覆盖着毛，背部呈浓淡不同的灰色、棕黄色、褐色或黑色，而腹侧颜色较浅。
蝙蝠中的多数还具有敏锐的听觉定向（或回声定位）系统，可以通过喉咙发出超声波然后再依据超声波回应来辨别方向、探测目标的。有一些种类的面部进化出特殊的增加声纳接收的结构，如鼻叶、脸上多褶皱和复杂的大耳朵。
它非常善于飞行，但起飞时需要依靠滑翔，一旦跌落地面后就难以再飞起来。飞行时把后腿向后伸，起着平衡的作用。蝙蝠的脖子短，而髋及腿部细长。除翼膜外，蝙蝠全身有毛，背部呈浓淡不同的灰色、棕黄色、褐色或黑色，而腹侧色调较浅。栖息于空旷地带的蝙蝠，皮毛上常自然秩序有斑点或杂色斑块，颜色也各不相同。
2、鸟类
鸟纲体均被羽，恒温，卵生，胚胎外有羊膜。前肢成翅，有时退化。多营飞翔生活。心脏是2心房2心室。骨多空隙，内充气体。呼吸器官除肺外，有辅助呼吸的气囊。其主要特征是全身披覆羽毛，前肢变为翼，能在空中飞翔，体温恒定且高，可达40℃。适应飞翔，骨骼变轻。
家鸽的骨骼可代表现代鸟类骨骼的一般特征，但与原始的鸟类骨骼相比它又是很特化的了。胸部有龙骨突(carina)，荐椎2个，腰椎2个，与最后一个胸椎愈合，向后还和部分的尾椎愈合，形成鸟类所特有的愈合荐椎，尾椎4～6个，最后尾椎向上翘起，称为尾综骨。
三、生活习性不同
1、蝙蝠
蝙蝠类动物的食性相当广泛，有些种类喜爱花蜜、果实，有的喜欢吃鱼、青蛙、昆虫，吸食动物血液，甚至吃其它蝙蝠。一般来说，大蝙蝠类一般以果实或花蜜为食，而大多数小蝙蝠类则以捕食昆虫为主。
蝙蝠居住在各类大、小山洞，古老建筑物的缝隙、天花板、隔墙以及树洞、山上岩石缝中，而一些南方食果的蝙蝠还隐藏在棕榈、芭蕉树的树叶后面。有些蝙蝠种群上千只在一起，有些蝙蝠雌雄在一起生活，有些则是雌雄分开栖息。许多栖息在树林中的蝙蝠冬季时迁徙到温暖地区，有时要飞过数千里路。温带的穴居蝙蝠一般都冬眠。蝙蝠每年只繁殖一次，在较早的温暖季节，蝙蝠生产幼仔。
2、鸟类
鸟类的食性可分为食肉、食鱼、食虫和食植物等类型，还有很多居间类型和杂食类型。有些种类的食性因季节变化、食物多寡、栖息地特点以及其他条件而异。
鸟类在不同季节更换栖息地区，或是从营巢地移至越冬地，或是从越冬地返回营巢地，这种季节性现象称为迁徙。鸟类因迁徙习性的不同，可分为留鸟、夏候鸟、冬候鸟、旅鸟、迷鸟等几个类型。鸟类的迁徙通常在春秋两季进行。秋季迁徙为离开营巢地区，速度缓慢，春季迁徙由于急于繁殖，速度较快。
鸟类性成熟期为1～5年。很多鸟类到性成熟表现为两性异型。繁殖期间绝大多数种类成对活动。有些种类多年结伴。有的种类一雄多雌。少数种类一雌多雄。成对生活的鸟类雌雄共同育雏，一雄多雌的鸟类大都由雌鸟育雏，一雌多雄的鸟类由雄鸟育雏。体内受精，卵生，具有营巢、孵卵和育雏等完善的繁殖行为。
参考资料来源：百度百科-蝙蝠
参考资料来源：百度百科-鸟类传统分类系统
参考资料来源：百度百科-鸟钢
