蒙古帝国瓦解后，其各个汗国和其他游牧民族国家存在于西伯利亚。在西方有西西伯利亚汗国、喀山汗国等；中亚有帖木尔汗国；东方有瓦喇等。它们有的仍在侵略和威胁其他民族，有的在自相残杀，有的只求自保。中国明朝时，在黑龙江入海口处的永宁寺立有石碑，见证了这是中国领土，估计其东北部领土已深入东北亚的楚科奇半岛附近。但随后后金的兴起彻底结束了汉民族对西伯利亚地区的统治历史。
十七世纪，俄国从西方扩张，并吞了众多小国，扩张到西伯利亚东部；女真族征服了蒙古本部，拥有了西伯利亚南部，建立了清朝。俄国和清朝这两个风马牛不相及的国家在西伯利亚冲突了。通过战争和《尼布楚条约》，划分了西伯利亚的势力范围。俄国一直向东扩张到西伯利亚最东端，甚至拥有了阿拉斯加，后因“消化”不了而卖给美国。之后，虽然日本想争夺西伯利亚，但西伯利亚一直稳稳地掌握在俄国手中。在苏德战争中，西伯利亚应该是苏俄心理上的支柱和事实上的大后方。
