花单生或2-3朵簇生于叶腋，无总花梗，白色、粉红色或紫色，单瓣或重瓣；花梗长2-2.5厘米，密被柔毛；苞片线形，位于花梗的基部；侧生萼片2，卵形或卵状披针形，长2-3毫米，唇瓣深舟状，长13-19毫米，宽4-8毫米，被柔毛，基部急尖成长1-2.5厘米内弯的距。
旗瓣圆形，兜状，先端微凹，背面中肋具狭龙骨状突起，顶端具小尖，翼瓣具短柄，长23-35毫米，2裂，下部裂片小，倒卵状长圆形，上部裂片近圆形，先端2浅裂，外缘近基部具小耳。
雄蕊5，花丝线形，花药卵球形，顶端钝；子房纺锤形，密被柔毛。蒴果宽纺锤形，长10-20毫米：两端尖，密被柔毛。
凤仙花之名，就是来源于它的花型。凤仙花的花瓣和花萼长得很有特点，3枚萼片的2枚侧生，呈披针形，而一枚舟形萼片则位于花下，在基部形成一个长长的距。
5枚花瓣除了成对的4枚侧生花瓣，还有一枚顶生的旗瓣，这使得凤仙花的花形好似一只翻飞的蝴蝶，也像一只展翅欲飞的小凤凰，“凤仙”之名由此而来。
当然，凤仙花这独特的花型，其实也是为更好的传粉而演化得来——昆虫们若想从深深的距中获得花蜜，就必须深入花中，使得身上擦满花粉，从而被凤仙花利用做“媒人”了。
