1、工资有差别。
在同等工龄的情况下，保留正科级干部职务待遇工资略高于主任科员。
2、各类待遇不一样。
保留正科级干部职务待遇与科长及与科长相当的领导职务一样，享受的是领导待遇，如交通补贴；主任科员各类待遇不能享受领导待遇，只能享受主任科员相当的非领导待遇。
3、职位来源不一样。
在县级政府下属正科级部门，保留正科级干部职务待遇一般是单位一把手退居二线后的称呼；主任科员是通过副科长（副主任科员）晋级或博士生直接入职后的称呼。
扩展资料：
乡科级正职：
各乡、镇、办事处、新疆生产建设兵团团场各营党委书记、乡长、镇长、办事处主任、以及镇级人大等。
县、县级市下属各局，如县公安局长、县建设局长等。
地级市局下属各处、科，如市建设局法制处长、农业农村局人事科长等。
参考资料来源：
