有区别。
1.单位房是单位根据员工的级别、工龄、贡献率、有无住房等因素给员工分配房子，一般指福利房、集资房，通常只需要支付购房成本价就可以购买到房子，有一定的福利性质；商品房就是由房地产开发经营公司开发的，建成后用于市场出售出租的房屋，属于市场商品进行交易。
2.单位房不能贷款，商品房可以贷款。
3.单位房属于公房，一般是成本价购房或优惠价购房，出售时需要缴土地出让金，买卖过户都要交，按所在几级一平方要交多少钱；商品房不需要交出让金，商品房就是直接向开发商买的房子。
4.单位房没有写使用年限，是永久性使用；商品房的使用年限是70年，逾期后要补交一笔不超过5位数的土地出让金。
5.在买卖房产的时候，单位房要补交土地出让金，大概是房子评估价的1％（因原土地为国有划拨地，现需转为出让地），而商品房则不用交。
6.单位房无产权证，且须与单位签订较长的劳动协议，由于单位有优先购买权（回购）；商品房有产权，一般配套都不错。
