一共有4个隐藏的站。三家店站（55号站）黑石头站（54号站）、高井站（53号站，101）、福寿岭站（52号站，102）作为地铁1号线一期工程就已建成的车站，自建成日起至今尚未对公众开放。
福寿岭站（地铁技校站）编号为52，102。其中102为地铁系统的编号，52是军用铁路系统编号（一说地铁修建时期的旧编号）。由于正式名称未对公众公布，也有人将这站称为地铁技校站。位于苹果园站西北方向福寿岭村，与地铁技校临接。本站作为地铁技校通勤车的停靠站，每个工作日早晚各有一班通勤车停靠。车站构造与古城站和苹果园站基本相同，目前地面出入口仅有一个尚可使用，其他三个入口中有两个被水泥和各种杂物封死，另外一个被从内部锁住。站内墙壁留下了很多地铁技校学生的涂鸦。入口处虽固定着非工作人员严禁入内的警示牌，但除学生外，时常有以城市冒险为目的的组织或个人进入，目前尚未有因该行为违法而被处罚的实例。
模式口站（北京军区站）
编号为53，101。由于该站的正式名称尚未公布，因此也有人将此车站臆称为北京军区站。本站坐落于西山中，一说已属于北京军区的管辖区内。由于进入的方法复杂并且较为危险，目前仅能从几张照片来了解站内设施及构造。该站与客运站的构造完全不同。站台比较狭窄，站内墙壁上涂抹白灰，顶部较低矮，照明设施也较为简陋。
黑石头站
编号为54。在地铁系统中没有编号，因此也被认为不包含在北京的地铁系统之内。本站为一地上车站，位于北京西山中的黑石头村附近，因此被大多数人称为黑石头站。
