佐助在去找自己的哥哥鼬之前先挑战大蛇丸,因为大蛇丸要占据佐助的身体,并且使用了他的转身之术,创造出异空间,但是在佐助的写轮眼前是无效的,被佐助反侵蚀。但大蛇丸并未死掉,只是被佐助吸收了,只要有咒印在,大蛇丸随时可以重生。在面对强大的鼬时,自己竭尽全力仍然不能战胜他,最后压制大蛇丸的力量也用尽了,大蛇丸使用八岐之术想要打败鼬,再次占据佐助,但被鼬的须佐手中的十拳剑封印在幻术之中,鼬在死前将自己的瞳里全部给了佐助,自己死去了(悲情人物,后来佐助得知鼬的实情悲痛欲绝)。
此事过后,在兜吸收大蛇丸的蜕下的皮的残存能力后,使用秽土转生,将晓组织的成员和很多历代名将和影们复活,参与忍界大战,但复活的鼬被藏在鸣人体内的乌鸦重新唤醒(乌鸦的眼睛是止水的,拥有别天神的幻术),宇智波鼬寻找兜,期间遇到佐助,和佐助一起打鼬并使用伊邪那美幻术抑制住了兜,阻止了秽土转生。随后大蛇丸再次被用咒印复活,吸走了兜身上的力量。复活的大蛇丸随后没有再找佐助的麻烦,并和他一起到木叶寻找真正的真相 ,并且解开了之前的尸鬼封尽,取回自己双手,并复活了4代火影,询问初代火影关于宇智波一族的事情。