一、特色不同
1、神农溪：具特色的“豌豆角”扁舟漂流，被誉为“神州第一漂”。船工号子、纤夫拉纤又是三峡地区保存最完好的“纤夫文化”的活化石。
2、小三峡：既有长江三峡的壮观，又兼具漓江的秀美，峡谷两岸的山谷地带翠竹依依，同时分布着大片的野蕉林，而恐龙时代的植物“活化石”桫椤也生长其中，构成极具美丽的生态探险游景区。
二、旅游资源不同
1、神农溪：神农溪位于湖北省恩施州巴东县，是巴东县境内巫峡北岸的一条常流性溪流，全长60千米，发源于原始森林神农架南麓，由北向南，在湖北巴东县的巫峡口注入长江。神农溪以其原始、古朴、无污染的自然环境而著称。
2、小三峡：有水帘洞、仙蕉林、摩崖佛像、天泉飞雨、罗家寨、绵羊崖、赤壁摩天、悬棺、双鹰戏屏、飞云洞等。小三峡的美景在滴翠峡中体现得最充分。那“赤壁摩天”是一片高达数百米的峭壁，如刀削一般，直插云天，在阳光的照射下，金光闪闪，真是名副其实的赤壁。
三、游览方式不同
1、神农溪：原始森林中聚居着罕见的珍禽异兽，如飞鼠、金丝猴、苏门羚等，尤其是白色动物种类繁多，如白雉、白蛇、白山羊、白金丝猴等。这里还生长着许多珍贵植物，如腊梅、香菊、天葱、母木莲、香果树、岩白菜等让人眼花缭乱。
2、小三峡：小三峡只须从巫山港口登上两头尖尖、肚儿圆圆的柳叶儿模样的轻舟，逆水北上，即可坐船观景。中途靠岸，游客可寻宁河彩石、摄影、戏水、野餐，至万云洞或迎客泉返回。
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