1培养方向不同：学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；工程硕士是国家为了克服学术型硕士的不足新增的一种新硕士，培养的是现在市场紧缺的应用型人才。
2招生条件不同：学术型硕士则不需要报考者有一定年限的工作经历。国家09年新增的一月份统考的全日制工程硕士并不要求工作经验，招生条件跟原来的学术型硕士一样，应届生可以报考。
3招生考试不同：学术型硕士的招生考试只有年初的“统考”，而统考以外的专业考试则由各招生单位自行命题、阅卷。专业硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可以自行选择，而这两大国家级别的考试的专业考试，也由各招生单位自行命题、阅卷。GCT在职硕士是参加10月份的联考，全日制工程硕士跟原来全日制学术型硕士考试时间一样，都是每年一月份初试。
4入学难度不同：学术型硕士的全国硕士研究生入学统一考试（统考）完全是严进宽出的代表。据了解，一些名校热门专业的录取比例甚至为70：1。而一些二流学校的冷门专业却年年招不满。因此，入学难度取决于考生报考的学校和专业。工程硕士的招生考试有10月份的“联考”和年初的“统考”两次机会，考生可自行选择。这两大国家级别考试的专业考试，是由各招生单位自行命题、阅卷。不同专业的入学难度各不相同，热门专业相对难一些。此外，“联考”和“统考”的难度也不一样，由于“统考”考生远多于“联考”考生，考试竞争激烈程度自然也大。不过，“联考”的考试虽容易，但录取时更看重申请者的工作背景和经验。
5学习方式不同：学术型硕士：全日制学习。一般为3年。工程硕士：脱产全日制学习，学制2-3年。
6学习费用不同：学术型硕士录取为国家计划内（非定向、定向）的硕士生按国家规定享受免学费待遇。录取为国家计划外（委托培养、自筹经费）的硕士生须缴纳学费，一般为8000元/年，不同专业有所不同。对于自筹经费生、特困生等考生可通过申请国家助学贷款或者商业贷款缓解学费的压力。工程硕士从2010年开始基本跟全日制学术型硕士一样，录取为国家计划内（非定向、定向）的硕士生按国家规定享受免学费待遇。录取为国家计划外（委托培养、自筹经费）的硕士生须缴纳学费，一般为8000元/年，不同专业有所不同。对于自筹经费生、特困生等考生可通过申请国家助学贷款或者商业贷款缓解学费的压力。
7文凭颁发可能不同：学术型硕士同时颁发学位和学历证书。工程硕士10月份单独考试颁发学位证书，1月份考试同时颁发学位和学历证书。
