这个问题回答起来很麻烦，详细的请参看国家税务总局公告2012年第57号和财预【2012】40号文件，国税发[2008]28号文件已经废止了。
简单的说一下吧
新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
从第二年起（而不是第二年末）分支机构就需要按季或月（一般是按季）申报预交企业所得税。
具体方式是总机构将本期企业应纳所得税额的50%部分，按照各分支机构应分摊的比例，在各分支机构之间进行分摊，并及时通知到各分支机构；各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额就地申报预缴。
汇总纳税企业汇算清缴时，总机构除报送企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表、各分支机构的年度财务报表和各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明；分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表（只填列部分项目）外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。
分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明，可参照企业所得税年度纳税申报表附表“纳税调整项目明细表”中列明的项目进行说明，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
分支机构未按税款分配数额预缴所得税造成少缴税款的，主管税务机关应按照《征收管理法》的有关规定对其处罚，并将处罚结果通知总机构所在地主管税务机关。
分支机构被主管税务机关检查有查补的，二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库；50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。具体的税款缴库程序按照财预[2012]40号文件第五条等相关规定执行。
总之，比原来的规定麻烦了一些，自己再好好看看上面的文件。
