目前，中国进入了经济转型的新阶段，社会制度的创新和社会秩序的确立成为中国经济转型的主要难题。在市场经济体制上，社会主义市场经济体制已经基本确立。市场化利益主体和市场化行为日趋成熟，市场体制自身的局限和弊端例如：市场失灵，市场缺失，市场抑制，以及市场化主体行为的不理性都开始出现。因此，加速制度变迁和制度创新步伐，利用明确而又稳定的制度安排促进利益主体资源配置及效率的发挥，利用政府宏观调控的力量消除新体制导致的经济不稳定性都成为下一阶段改革的重要内容。
在农村经济上，农业增长和农民增收的问题、农村剩余劳动力转移的问题、农村生产生活环境改善的问题，成为21世纪突出的中国问题。“三农问题”的根本就是在市场经济竞争中弱势产业和落后经济难以实现突破性的发展，尤其面对国际国内市场的竞争挑战，会越来越处于不利的发展局面。市场经济以放为主的转型实践证明，中国未来的农业前途还在于通过工业反哺农业，走组织化的现代生产道路。在国有企业和所有制结构的调整方面，中国正在面临核心竞争力、自主创新能力和公有制主体地位的艰难抉择。市场经济体制与中国政治框架的不协调，伴随市场运行机制的不断发展，矛盾日益突出，经济和政治的协调以及社会主义制度的创新，马克思主义的经济基础和上层建筑的关系使中国的学者能够思考比西方转型学者更多的问题。这个阶段的难题，也成为转型深化期中国经济转型模式研究的主题。
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