不能撤案，这个涉嫌刑事犯罪，无法撤案。但根据你说的情况，检察院应该是不会起诉的，就算起诉法院也应该免于刑事处罚，无罪释放，别太担心。职务侵占罪只要不是数额特别大，是比较轻的罪
最高人民法院：人民法院量刑指导意见（试行） 第四节 公司、企业人员受贿、职务侵占罪 第六十一条 【五年以下有期徒刑、拘役量刑格】公司、企业人员受贿、职务侵占1万元以上不满2万元的，基准刑为拘役刑；5万元的，基准刑为有期徒刑二年，每增加1万元（总额不超过10万元），刑期增加六个月；每减少1.5万元，刑期减少六个月。 第六十二条 【五年以上有期徒刑量刑格】公司、企业人员受贿、职务侵占10万元的，基准刑为有期徒刑五年，每增加数额2万元，刑期增加六个月。 第六十三条 【缓刑适用但书】有下列情形之一的，不适用缓刑： （一）犯罪数额在10万元以上的； （二）索贿3次以上且数额在3万元以上的； （三）未退清赃款的； （四）共同犯罪的主犯且犯罪情节严重的； （五）在本市影响较大，社会反应强烈的。 你没有说金额，侵占罪经典案例。我估计金额应该是够刑事责任的，否则公安机关不会立案，但到什么程度我不知道，希望这个规定对你有所帮助。
撤案不是个人可以决定的，公诉案件个人无法决定可否撤诉，只有在自诉案件中个人才有权利撤诉。按你的叙述，检察院最多会做出不起诉决定书（认为构成犯罪但法律不追究），公司不服的才会提起自诉。那时候才会涉及撤诉的问题。
