1：化学成分的区别
氟康唑：外观为白色或灰白色结晶粉末，无臭或微带特异臭，味苦。在甲醇中易溶，在乙醇中溶解，在二氯甲烷、水或醋酸中微溶，在乙醚中不溶。密度：1.49g/cm3，分子式为C13H12F2N6O，分子量为306.27100。
伊曲康唑：分子式为C35H38Cl2N8O4，分子量为705.63。本品的作用机制主要为高度选择性干扰真菌的细胞色素P-450的活性，从而抑制真菌细胞膜上麦角固醇的生物合成。
2：适应症的区别
氟康唑：属吡咯类抗真菌药。抗真菌谱较广。口服及静注本品对人和各种动物真菌感染，如念珠菌感染、新型隐球菌感染、糠秕马拉色菌、小孢子菌属、毛癣菌属、表皮癣菌属、皮炎芽生菌、粗球孢子菌及荚膜组织胞浆菌、斐氏着色菌、卡氏枝孢霉等有效。
伊曲康唑：主要应用于深部真菌所引起的系统感染，如芽生菌病、组织胞浆菌病、类球孢子菌病、着色真菌病、孢子丝菌病、球孢子菌病等。也可用于念珠菌病和曲菌病。
3：不良反应的区别
氟康唑：常见消化道反应，表现为恶心、呕吐、腹痛或腹泻等。过敏反应可表现为皮疹，偶可发生严重的剥脱性皮炎（常伴随肝功能损害）、渗出性多形红斑。治疗过程中可发生轻度一过性血清氨基转移酶升高，偶可出现肝毒性症状，尤其易发生于有严重基础疾病（如艾滋病和癌症）的患者。
伊曲康唑：本品对肝酶的影响较酮康唑为轻，但仍应警惕发生肝损害，已发现肝衰竭死亡病例。有恶心及其他胃肠道反应，还可出现低钾血症和水肿。本品有一定的心脏毒性，已发现充血性心衰多例且有死亡者。
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