办理农村自建房产权证，需要由屋主本人拿着土地使用证，身份证原价及复印件到房管局大厅窗口办理，一般需要以下证件：
（一）登记申请书；
（二）申请人的身份证明；
（三）宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明；
（四）申请登记房屋符合城乡规划的证明；
（五）房屋测绘报告或者村民住房平面图；
（六）其他必要材料。申请村民住房所有权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。 *农村集体经济组织申请房屋所有权初始登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。
所以，想要办理农村自建房产权证的，首先需要准备好以上的材料。对于材料不是很清楚的，可以去当地房屋管理部门咨询。
