1、销售模式不同
京东自营的模式是B2B（厂家卖给京东）然后B2C（京东再卖给消费者）。
品牌方开的旗舰店的模式是B2C（由厂家卖给消费者）。
2、发货方不同
京东自营的发货方是京东官方。
官方旗舰店的发货方则是该品牌官方。
3、商品属性不同
京东的自营商品，好比大型超市，统一进货。
旗舰店好比却是大超市里一些柜台租给一些品牌商家自己经营。
4、物流不同
京东自营的物流是京东物流，发货速度快，有问题也可以上门取件更换。
官方旗舰店一般是入驻商家，有少部分会使用京东自营，但大部分发货属于第三方物流。
参考资料来源：京东-京东自营和旗舰店区别
