选择性强，对人畜安全 目前市场开发并大范围应用成功的生物农药产品，它们只对病虫害有作用，一般对人畜及各种有益生物比较安全，对非靶标生物的影响也比较小。生物农药是生物活体，假如不考虑生态环境因素，那么生物农药对非靶标生物几乎是没有杀伤力的。生物农药中昆虫病原真菌、细菌、病毒等均是从感病昆虫中分离出来，经过人工繁殖再作用于该种昆虫，加上生物农药大多数都是通过影响害虫进食而达到杀虫目的，因此使用生物农药是很安全的。
无污染，对生态环境安全
微生物农药有控制有害生物的作用，主要是利用某些特殊微生物或微生物的代谢产物所具有的杀虫、防病、促生功能。其有效活性成分完全存在和来源于自然生态系统，在环境中会自然代谢，参与能量与物质循环。它的最大特点是极易被太阳光、植物或各种土壤微生物分解，是一种来于自然、归于自然的物质循环方式。作物施药后对水体、土壤、大气都不会产生污染，也不会在作物中残留。
效果好，防治期更长
一些生物农药品种(昆虫病原真菌、昆虫病毒、昆虫微孢子虫、昆虫病原线虫等)具有在害虫群体中水平或经卵垂直传播的能力，在野外一定的条件下，具有定殖、扩散和发展流行的能力，不但可以对当年当代的有害生物发挥控制作用，而且对后代或者翌年的有害生物种群起到一定的抑制作用，具有明显的后效作用。
