巴巴寺山门为木石结构，上书“久照亭”，还有“真一还真”的镏金门额。入门西侧，有乾隆年间水磨青砖砌成的大照壁，长约10米，高8米。照壁正面镂空雕刻写意山水，背面为古松劲竹，配以花卉，作品取样于唐代张藻和明代唐寅，刀笔隽美，富有立体感。照壁为须弥座，五脊顶，飞椽镂空，工艺精美。久照亭大殿，为三重檐盔式四脊顶建筑，外体为四方形，室内藻井为八方形，即所谓“明四暗八”。廊檐门窗，顶楣落地，上刻国内少见的金边双层窗花，镏金镀彩，加上四周的龙墙砖壁相映衬，庄严肃穆。大殿分内外二室，外室锦帘垂掩，匾额高悬，水磨地面铺设丝毯跪垫，供人朝拜。内室即西来上人墓室，顶若苍穹，悬金匾两通，其一为清王朝宗人府右宗正多罗贝勒亲王手书“清修”二字，上饰龙吻金印。室中安放一宝鼎形镂空活动香炉，高二尺余，雕刻精细，是一件艺术珍品。
大殿为双檐多角攒尖式的“明四暗八”结构，是阿卜董拉希的墓。据寺内的墓碑记载：华哲陈卜董拉希是阿拉伯麦加城人。康熙二十三年，随川北镇台左都督马子云来阆中传教，康熙二十八年三月死于阆中。阆中巴巴寺便成为陕西、甘肃、宁夏、四川等地穆斯林的圣地。每年3月25日，各地穆斯林都要到此参加祭奠。大殿分内、外二室。外室锦帘垂掩，匾额高悬，内室即墓室，顶若苍穹，上悬金匾两道：其一为宗人府右宗正多罗贝勒亲王手书“清修”二字，上饰龙吻金印。室中安放一宝鼎形镂空活动香炉，高2尺多，石质细腻，雕刻精细，是一件难得的艺术珍品。
大殿前面是一座结构复杂，雕刻精妙，气派巍然的木牌坊。牌坊正面一匾，大书“仰止”二字，为道光甲辰年立。大殿前面有一座结构复杂、雕刻精妙的四柱三间三楼式木牌坊，檐牙高啄，斗拱层层重叠，交错繁复，相缝合辙，无一榫楔，为木构之精品。牌坊正面一匾，书“仰止”二字，为清道光甲辰年立。牌坊前与照壁之间，为砖仿木结构垂花大门，吊柱挂罗，栏密花牙，雕刻十分精美。
久照亭后院，有碑廊、潜花厅、拜主室，旁连外来朝圣者住室。厅内悬有乾隆时武状元哈攀龙书“清真流光”挂匾，并有明代吕纪、蓝瑛的山水、清代郑板桥的墨竹等名家书画。后园为生活用房，有井亭，其水清而甘，乃蟠龙九井之一。
