虽然我不清楚你问这些出于什么，但我还是决定写一些东西：
从全局的概念上准确的回答你的问题，真的很困难。因为涉及的概念和过程描述实在太抽象了。说实在的，“软件控制硬件”这句话挺有歧义的，就目前自己使用计算机的程度，从一般计算机构造来看，想要从根源上区分存储和计算实在是件困难的事。你可以把计算机看成计算和存储可以分离，因为硬盘就像计算机的存储单元，CPU是计算单元，所以计算机的记忆可以外部化。然而，类比到人类的时候，大脑却是记忆和存储合二为一的。细化CPU完成功能的过程，它也是有寄存的。你说如何严格区分计算机的计算和存储呢？况且还有根内存在。
以上表达的意思希望你能明白，从分子运动就可以看出来，物质同化和性质紊乱便是自然界的规律，如同人类社会不同民族的融合一样。从软件的概念上说，和提纯金属是相同的。人为的逆转自然界的规律为己所用。
物理和化学变化，是提纯了的自然规律，比如电容，它的放电和充电，这个过程受限于电量和电容表面积，那么注定了它有固定的时间间隔，利用这些特性，可以用来计数，在多长时间后放电。二极管，说白了就是不同介质电阻的零界变化，形成二极管的定向电流和传递电势的性质。电容，电阻，二极管加起来：在何时朝什么方向传递多少电流电压（这只是很简单很笼统的说），于是，神奇的作用效果便呈现出来了。化学方面大多涉及制造工艺，在这就不说了。
那么计算机的电路板和上面的元件通电后的作用和软件控制硬件后的作用难道不是相同的么，只是效果更加单纯。计算机的输入设备，比如键盘和鼠标，手指的操作，在幕上输出以上的文字。不就是一连串的简单电路通电后的表现么，比起某几个电器元件的化学和物理变化，只是更加复杂，或者说表现效果更加符合人的意愿。
你所说的软件硬件间的相互作用，说白了还是硬件和硬件间的相互作用，为什么不采用过多的化学变化，因为这有个控制量的问题，化学变化过程的能量变化难以控制，且无论如何无法质量守恒（如果你相信中学教材就惨了）。硬件方面的存储可以举两个简单的例子，你的U盘，如何存储？是在半导体存储介质上“固化”电路，通电后，输出电路的“通路”和“不通路”两种状态，逻辑上就是数据的二进制化。而硬盘，和磁带的存储原理是相同的，通过控制磁头的电流大小，控制磁头的磁场强度，然后干预磁盘碟片上的“磁性物质”的密度或排布规律。
至此，软件作为一般人的抽象概念，把我们引入误区了，有一点希望你能从心底来认同，这不是技术上的问题，而是关于事物的认知。我们知道软件和硬件的相互作用是如何发生的意义不是很大，关键是我们知道怎么利用好这种相互作用就够了。
