看到您的问题很详细，就先根据您的3点需要回答一下吧。
1、一般来说，无论是您看好的6D，还是5D2、甚至5D3、1Dx，他们的对焦系统虽然差别很大，但是不会直接影响到您拍摄体育或者运动物体，因为就算再强大的对焦系统，如果您拍摄时机不准，或者拍摄经验不足的话，也很难拍出好片子（当然了，镜头也很重要，您如果拍体育的话，24-105mm可能有些不够用）。再有，5D2的对焦系统的确是最落后的，其它机型虽然对焦点增加不少，但设计的还是集中于画面中央，换句话说就是对焦点之间的间隙小了（可以说是精度高了），但对焦面积没有太本质的扩大。所以如果您不是选择1Dx的话（1系列的对焦系统还是很棒的），6D的对焦已经很不错了，完全可以胜任各种拍摄。不过需要强调一点，拍摄运动物体，快门速度很重要。虽然6D的4.5张/秒的连拍速度比5D2快了一些（6张/秒以上比较好），但其最高1/4000秒的快门速度可以说是比较鸡肋的（其实也够用，但真不应该是全画幅相机的配置，这快门和入门级的单反一样了，唉...您有机会的话，可以亲自去专卖店或商场体验一下，1/8000秒的快门和1/4000秒的手感差距很大）。而且约10万次快门寿命的耐久性还不如7D的水平。
2、佳能的全画幅单反相机在设计时都没有配备机顶闪光灯（因为对于专业摄影师来说，机顶灯几乎没什么用处，不仅闪光指数太小，而且打出来的光太白太死板，不柔和，毕竟没法调整角度嘛）。您如果多用于拍摄夜景或昏暗环境的话，6D还是可以胜任的，毕竟其设计在高感光上下了一些功夫，102400的ISO的确很高了（不过还是不建议在实际拍摄时使用太高感光，就算降噪处理的再好，也还是会有躁点的）不过一点都不反对您选择全画幅相机（虽说没有机顶灯吧），毕竟全画幅的成像质量是APS-C比不了的，而且一般情况下您出去旅游也好，拍风景也罢，机顶灯都没什么用。所以还是建议您可能的话配个热靴灯，现在580EX II已经停产了，600比较贵（近4000元），功能确实很多，但估计您不是专业用途的话也用不上，所以您可以选择一下性价比最高的430EX II（1500元左右，重量轻，携带方便），当然您也可以选择副厂闪光灯，价格便宜，就是照明效果一般。
3、佳能的成像普遍感觉发灰，颜色相对暗淡，不过这也是比较而言的，SONY颜色最为亮丽鲜艳（但个人感觉有些失真），尼康的成像的确比佳能锐度高，颜色更为清新，不过您不把照片放在一起对比的话是不会有太大感觉的，即便6D是一款入门级全画幅相机，但其成像也不会太差嘛。毕竟是全画幅。
最后，客观评价一下，6D作为佳能最新设计的一款入门级全画幅相机的确有一些优势，佳能最新的DIGIC5+处理器、2020万有效像素、全11点对焦、4.5张/秒高速连拍以及高感光控制，还有就是WI-FI功能（这个功能其实是它的卖点之一，估计对您没有太大用）。但是也有一些弱点，1/4000秒的快门速度、半金属机身（当然了，重量减轻，便于携带）、SD存储卡（一般情况下SD卡不如CF卡速度快，尤其在摄像时，可能会因为卡速度慢导致停机）以及1万多的单机身售价（毕竟是新机型，价格会稍高，其大哥5D2也不比它贵多少）。
在这个价位而言，如果您想体验一些新技术或新感觉，6D值得拥有，但作为入门级全画幅单反，价格有些不厚道，有点坑人的感觉。如果讲究经济实用、性价比高的话，那还是5D2（价格实在是太实惠了）。
希望可以帮到您
