您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^
黑衣组织的集数都是重要集数这个你可以看看黑衣组织的百度百度
下面是我在网上找的比较重要的集数
001云霄飞车杀人事件（组织）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(平次登场，第一次恢复)
054电玩公司杀人事件（组织）
057，058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128黑衣组织10亿元抢劫事件
129来自黑暗组织的女子大学教授杀人事件（组织）
170，171暗阁中的死角（新出登场）
176，177，178与黑暗组织的再会（组织）
188－－193危命的复活（新一，兰）
226，227格斗游戏的陷阱（朱蒂登场）
230，231谜一样的乘客（赤井登场）
258，259来自芝加哥的男子（詹姆斯登场）
269，270犯罪的纪念品（有提到警察局关于毛利的案卷被偷一事）
271，272紧急隐藏的省略（朱蒂）
277，278英语教师VS关西侦探（朱蒂）
284~285中华街雨中的似曾相识
286，287，288工藤新一NY事件（不用多说了吧）
307，308无声的证据（组织相关，下一集的引子）
309，310，311与黑色组织的接触（组织）
335，336东都显影所的秘密（有神秘人）
338，339 4辆保时捷（朱蒂和贝尔摩德假扮的新出发现哀）
340，341隐藏在厕所里的秘密（更多关于哀父母的消息，找到明美藏起来的录音带）
343，344便利店的陷阱（最后一段是小兰发现朱蒂藏的照片，怀疑朱蒂）
345与黑衣组织直面对决满月之夜的双重迷案（不多说了）
346，347寻找P股上的印记（上集案件的扫尾，关于哀拒绝证人保护计划的事）
385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不xx音
425 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间(水无怜奈登场，小五郎受到怀疑，若不是秀一就挂掉了)
429--430无法回到从前的两个人(本堂)
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者 （这个就不用说了吧）
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
466 坚不可摧的雪人（前篇）
467 坚不可摧的雪人（后篇）
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 疾呼
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 扰乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK房间的死角（前篇）
508 卡拉OK房间的死角（后篇） （本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
558 死亡之馆 赤壁(三顾之礼)
559 死亡之馆 赤壁(掌中之物)
560 死亡之馆 赤壁(孔明之死)
561 死亡之馆 赤壁(空城计)
死亡之馆系类比较经典！
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功)
616-621 伦敦篇系列（工藤新一第四次恢复，工藤新一第一次向小兰正面表白）
623 紧急事态252（后篇）（冲矢昴行为诡异，证明了他有极强的洞察力，身手也不凡。灰原再次对冲矢昴有组织感觉）
646 幽灵旅馆的推理对决（前篇）（世良真纯登场，自称侦探，身份可疑）
647 幽灵旅馆的推理对决（后篇）（世良似乎对“新一”的名字有耳闻。之后转到小兰班上）
648 侦探事务所笼城事件（爆发）（世良来侦探事务所打听柯南信息，柯南感觉她可能很像自己认识的某个人。侦探事务所遭炸弹劫持，事态危急）
649 侦探事务所笼城事件（狙击）
650 侦探事务所笼城事件（解决）
651 柯南VS平次东西侦探推理对决（FBI的茱蒂、卡迈尔等人对世良有似曾相识的感觉。詹姆斯则一眼就认出世良是女生，显得更加可疑）
658 巧克力的火热陷阱
663 追寻秋山甲
664 名犬Cool的功劳Ⅱ
665 疑惑的姓名首字母K
666 雨夜的恐吓犯
669 黑暗塔的秘宝（前篇）
670 黑暗塔的秘宝（后篇）
677 没有脚印的沙滩
678 长崎谜之剧场（幕末篇）
679 长崎谜之剧场（现代篇）
680 仙人掌狂想曲
686 装载了定时炸弹的汽车
710-711 迫近灰原秘密的身影（前后篇）（也没什么大不了的（个人觉得）就是灰原变回来而已）
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室里的柯南
717 解开谜题的波本
699-700 世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织得知宫野志保将乘坐神秘列车。贝尔摩德假扮成伤疤赤井潜入列车，确认雪莉已上车。灰原收到贝尔摩德发来的恐吓邮件后离开包厢，受到侵入其手机的冲矢昴“到我的领地来”的邀请，后被工藤有希子保护。世良遇见了“赤井秀一”，喊了他“秀哥”后被电晕，但被冲矢昴带回包厢。柯南揭穿怪盗基德身份后委托他假扮成宫野志保。贝尔摩德扔掉了有希子的变装工具，并引发排烟装置，安室透配合谎称车上发生火灾。柯南误导贝尔摩德以为组织计划进展顺利。“宫野志保”逃到列车尾部，安室对其揭晓自己的波本身份，确认之前的伤疤赤井是波本为了调查赤井生死而假扮，他也确认了赤井的死亡。安室将“宫野志保”逼入最后一节车厢，身后突然出现的无疤赤井扔出手榴弹，车厢脱离后贝尔摩德引爆了炸弹，怪盗基德乘滑翔翼逃离。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728 兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，拜托她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。（魔法师就是柯南）
还有些集案件本身没什么，其间就一两句话和组织的事有点关系或者哀的话暗藏玄机
130--131竞技场无差别胁迫事件(故事内容和主线情节无关，但灰原讲的一句话曾让广大柯南迷浮想联翩：“工藤君，也许你自己不知道，其实半个世纪前你就在组织的计划中了”。这究竟是怎么一回事？半个世纪前优作大概都没出生呢！看来只有等青山来解释了。)
222--224招致死亡的人鱼传说（人鱼小岛签名册有宫野志保的名字）
242元太的灾难（好像提到GIN是左撇子)
246--247网中的谜事件（哀和兰握手）
253－- 254本厅刑事恋爱物语(本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了 高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。望月以为，有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。)
279--280 迷宫的阴暗（这集哀说了很多话;主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息。发现她就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。在母 亲的葬礼上，面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMANWOMAN.另外，有希子也出现在了莎隆的葬礼中，但是她的帽檐压的很低，所以美国的网站上显示当时并没有人认出有希子的身份，只是谣传说日本 的前人气女明星也出席了葬礼。）
289--290迷惘森林中的光彦（上下集）（有提到哀对组织气味已经不敏感了。和沼渊已一郎是组织一员的事。）
312--313染上夕阳的布偶（哀说了关于夕阳的话）
329-－330金钱买不到的友情(本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。原来他是化学领域非常有名的科学家，被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，待人和气有礼，并且是阿笠博士的旧识。)
