东汉官制的最大特点就是：“虽置三公，事归台阁”，虽然三公权利的削弱，尚书台”和六曹机构权利的大大加强，但是仍然以三公领九卿为基本架构东汉不设丞相（东汉末年曹操任丞相是特例），刺史成为一级地方长官，地方军队的职权也受到了极大的削弱。东汉中央政府的官员分省官、宫官、外官三大系统。
三公
三公指太尉、司徒、司空，品级最高，名义上的职责是辅导皇帝主持国家政务；三公之上还有太傅，其职责辅导皇帝，但不常设。东汉的实际政务都同属尚书台，因此，三公、太傅如没有“录尚书事”的头衔，就是没有实权的虚职。三公的属官有长史一名，掾属、令史、御属各二、三十名。其中，长史是三公的主要副手，掾、属是分管具体事务的部门负责人（掾是正职，属是副职），除长史由朝廷任命外，其他属官均由三公自行聘用。
按东汉以三公领九卿的制度，太尉领太常、卫尉、光禄勋三卿。太尉府属吏有：长史一人，秩千石，总管各曹事务。各曹掾、史、属共二十四人。在诸曹中，西曹负责太尉府官吏的任免；东曹负责二千石的迁调；户曹负责户籍、祭祀、农桑；奏曹负责奏议；辞曹负责审理案件，接受上诉；法曹负责驿站事务；尉曹负责士卒和囚犯的征调、运输事务；贼曹负责缉拿盗贼；决曹负责裁决刑法；兵曹负责军事事务；金曹负责货币与盐铁事务；仓曹负责国家仓库事务。此外，还有黄阁，主簿，是阁下诸吏的长官。另有令史及御属二十三人，阁下令史负责太尉的仪仗执事；记室令史负责太尉府的奏章等各种文书的管理；门令史负责太尉府门卫。其他令史分隶诸曹，办理文书事务。从东汉太尉府诸曹的设置以及职掌来看，太尉的管辖范围似乎非常广，但那都是名义上的东西，太尉诸曹所领事务，或受制于尚书台，或仅仅为文牍往来，本身并没有可否之权，而且太尉对本府诸曹事务并没有实际节制的权力。
尚书台
尚书台是皇帝的秘书机关，其官署设在宫廷之内、禁省之外。它的主要执掌是管理章奏文书、起草诏令，但实际上政务都由尚书台代表君主执掌，权力极大。上书台设长官（令）一人、副长官（仆射）一人，下设尚书六人分十八人。沟通尚书台与皇帝联系的官员有侍中、中常侍、黄门侍郎等。其中，侍中由士人充任；中常侍、黄门侍郎则由宦者承担。侍中有事才入禁省，中常侍、黄门侍郎则日常居住在省中，因此，虽然三者之中侍中的级别最高、中常侍次之，但与君主的亲密程度，则以中常侍为最。宫内省外的禁卫工作由九卿中的光碌勋与卫尉负责，光碌勋偏于内，卫尉偏于外。光碌勋下属五官、左、右、虎贲、羽林等五名郎将，中郎将以下有中郎、侍郎、郎中等官。光碌勋的禁卫力量是郎官，卫尉的禁卫力量是武装卫士，所以，卫尉在宫卫事务中的地位相当重要。
九卿
九卿是太常、光掾、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府。他们各自分管的政务是：太长掌典礼，光碌勋、卫尉掌宫省禁卫，太仆掌皇帝车马，廷尉掌司法，大鸿胪掌接待诸侯与少数名族，宗正掌皇族事务，大司农掌国家财政收支，少府掌皇帝器用服饰。九卿各官的长官是卿，副职为丞；其下分设各官管理具体事务，大体以令为正职，丞为副职。 与西汉不同的是，东汉九卿分隶属三公。太常、光禄勋、卫尉三卿属太尉；太仆、廷尉、大鸿胪三卿属司徒；宗正、大司农、少府三卿属司空。
与九卿级别相当的外官（亦称“列卿”）还有执金吾、将作大匠、大长秋等。其中，执金吾负责宫廷之外、都城之内的治安（都城门另有城门校尉负责守卫），将作大匠负责宗庙殿堂、宫室陵园等土木工程，其副手为丞，下属的部门负责亦以令为正职，丞为副职；大长秋主管皇后事物。性质与就卿中的少府类似，由宦者担当。皇位继承人太子正式确立之后，有专门隶属太子的东管宫。其设官大体与政府类似，但分级没有后者细密。东宫官职均冠“太子”，如太子太傅、太子少傅、太子家令等。
在武将方面，相当三公的中央高级官员有大将军、骠骑将军、车骑将军、卫将军，相当九卿的有前、后、左、右将军，均不常设。以上将军均开府，府属有长史、司马各一人，掾属二十九人，令史御属三十一人，从事中郎二人，职掌参谋，均由朝廷任命。将军直接领兵的，在部、曲、屯等建置上分别设校尉、司马、军侯、屯长等统兵官。
东汉中期以后，太后临朝称制，外戚以大将军执政，与太傅三公合称为五府。另有所谓杂号将军，临事设置，事毕即撤。唯度辽将军因南匈奴所部时有内乱，自公元65年（永平八年）后常设。汉灵帝设西园八校尉，统率首都洛阳驻防军队，以宦官主之，这是后世宦官领兵的开端。
