最常见的是扁桃体源肾炎，扁桃体炎所引起的肾炎发病率，占肾炎发病总数的23-75%
二、引起风湿热和类风湿：据临床统计，因扁桃体炎而引起风湿性关节炎占总数的8.3%，引起的风湿性心脏病占总数的4%，但在风湿病患者的病中，80-85%曾得过扁桃体炎。
三、引起内分泌代谢病：据临床统计，糖尿病患者，其中伴慢性扁桃体占17%，经过治疗扁桃体炎，糖尿病症状会减轻。
四、引起皮肤病科疾病：1、红斑狼疹及硬皮病：据临床统计有红斑狼疹及硬皮病，有12%以上与慢性扁桃体炎有关。
2、银屑病(牛皮癣)多形性渗出性红斑，掌跖脓疱疮，园形脱发症、慢性湿疹，过敏性紫癜等等，都与扁桃体的慢性病灶有密切关系，往往扁桃体的病灶清除了，皮肤病随之而愈了。
五、循环系统的疾病：临床上常见的病毒性心肌炎，细菌性心肌炎，有30%患者患有慢性扁桃体炎。
六、引起精神，神经系统疾病：临床上见到一些精神病，遗尿症，面瘫等都与扁桃体炎有关。
七、消化系统病：慢性胃炎，慢性胆囊炎
