1、企业处理是正确的，因为根据《劳动法》第25条之规定，严重违反劳动纪律或用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。王某连续旷工28天，严重违反了劳动纪律，企业完全可以单方解除劳动合同。
2、仲裁委员会不应接受企业变更退工理由的请求，因为根据《劳动人事争议仲裁办案规则》第41条第2款之规定，在举证期限届满后提出变更仲裁请求的，应另案处理。据估算，在本案中，企业提出变更退工理由时，举证期限肯定已经届满了。
3、本案应首先进行调解，调解不成或不愿调解的，应当裁决驳回申请人（王某维持劳动关系）的仲裁请求，法律依据是前述的《劳动法》第25条。
仅供参考。
