《民诉意见》第40条规定，民事诉讼法第四十九条规定的其他组织是指合法成立、有一定的组织机构和财产，但又不具备法人资格的组织，包括：
（5）法人依法设立并领取营业执照的分支机构； （6）中国人民银行、各专业银行设在各地的分支机构； （7）中国人民保险公司设在各地的分支机构；
《民诉意见》第41条规定，法人非依法设立的分支机构，或者虽依法设立，但没有领取营业执照的分支机构，以设立该分支机构的法人为当事人。
因此，只要分公司是依法设立的、具有相应的授权、领取了营业执照，就有当事人资格，可以以分公司作为诉讼主体参加诉讼。 实践中对于分公司可以单独作为原告起诉，应该没有问题。
所以你需要结合具体分支机构来分析，其是否也具有相应授权领取营业执照。如果有，那不必担心，其可以作为诉讼主体，约定是有效的。
如果没有的话，则约定无效，应以甲方为被告，也就是遵循合同纠纷原告就被告或者合同履行地为管辖原则确定管辖法院。
