这个可以按照要求来操作的，有以下几种情况：
1、预付款可以要发票，只需要在发票上注明是预付款就可以了，等剩余的款到了再开剩余的发票。
2、先开收据，并注明是预付款并加有公章，等付完全款后再开据发票。
3、先开全额发票给付款公司请款用，但要有合同说明，在多长时间、什么情况下将余款付清，如有违约怎么办都要写清，如果遇到问题由法院仲裁。
扩展资料：
合同预付款是可以要开发票的。预付款是一种支付手段，其目的是解决合同一方周转资金短缺。预付款不具有担保债的履行的作用，也不能证明合同的成立。
此外，当事人不得任意在合同往来中设置预付款项，而对定金则无此限制。
工程预付款可以不开具发票,主要原因如下:
1、工程预付款是为了解决承包人资金周转提前支付的款项目;开据发票一般是在工程部分完工或全部完工以后作为结算凭据。
2、工程预付款不代表工程结算,开据发票则需要缴纳税款,如果预付时开据发票,最后工程结算的时候,如果预付款多于结算款,退款时则会多承担税负。
参考资料：
