细菌鞭毛：
基体，钩型鞘，鞭毛丝。
基体，含4个盘状物，从外到内分别为L环P环S环M环，其中SM环连在一起，相当于马达转子，他的外侧有Mot蛋白包围作为定子。Mot蛋白蛋白中的跨膜质子通道引导膜外质子流入膜内，从而驱动SM环快速旋转。
钩型鞘，用于连接鞭毛丝和基体，它可以360°旋转，使鞭毛加大运动幅度。
鞭毛丝，由鞭毛蛋白构成，含有中央孔道，鞭毛蛋白通过中央孔道在其游离端（顶部）进行装配成鞭毛丝。
真菌细胞的鞭毛
鞭杆和基体组成，当然也有连接他们的结构。
鞭杆呈“9+2”型，即中央有两个中央微管（完全微管13个亚基围绕成），外围绕一圈9个微管二联体，其中A管为完全微管，B管则是由10个亚基围绕成，另外3个亚基共用A管的。A亚纤维上还有两条动力蛋白壁，主要通过Ca+激活的ATP酶参与参与使鞭毛弯曲运动。同时在相邻二联体微管之间还存在连丝蛋白，在二联体微管与中央微管之间存在放射辐条。
基体结构与鞭杆类似，不过它是“9+0”型，即没有中央微管，且外围是9个三联体微管。
运动机制：上面已经提到，细菌鞭毛是利用质子流进行旋转驱动，即“旋转论”；真菌细胞的鞭毛是“挥鞭论”。
