犬类眼睛颜色不同是因为患有虹膜异色症，异色症指的是人类或者动物的眼睛、毛发或者皮肤存在不同的色彩。虹膜异色症在某些物种中很普遍，但很少有人类患有虹膜异色症。
在狗类中完全的虹膜异色症并不罕见。完全的虹膜异色症就是说一只眼睛的虹膜拥有完全不同的色彩，而且在犬类中几乎都会出现一只眼睛蓝色和另一只完全不同的色彩。虹膜异色症的另一个临床表现为局部或者部分异色，虹膜的一部分色彩不同于其余部分。而且人们也相信这在犬类伙伴当中相当的普遍。导致虹膜异色症一个最重要的因素是黑色素，黑色素过度或者缺乏会导致异色症的出现。如果几乎没有黑色素存在，狗就会出现蓝眼睛；如果有一点存在，眼睛很可能变成绿色；而且如果在眼睛中含有相当多的黑色素，狗就会有棕色的眼睛。因此拥有的黑色素越多，眼睛就越暗。
虽然虹膜异色症在人类当中相当罕见，但某些猫、狗品种当值非常普遍。在动物当中，西伯利亚爱斯基摩犬经常受到异色症影响。但是爱斯基摩犬并不携带蓝灰色基因，而且阿拉斯加爱斯基摩犬也不携带，这是另外一个因此而闻名的品种。
患有虹膜异色症的其它狗类品种通常包括大丹狗、加索霍拉豹犬以及澳大利亚牧羊犬。局部虹膜异色症通常能在博德牧羊犬、喜乐蒂牧羊犬、威尔斯柯基犬、比利牛斯牧羊犬、吉娃娃以及腊肠犬等品种中出现。（没有找到爱斯基摩犬的虹膜异色症图片，附上一些找到的图片）
