绿光结局和蓝光结局有剧情上的区别。
1、绿光结局
在安德森、哈克特和薛帕德的指挥下，星联及其盟友发起了对收割者的全面攻击，通过擎天炉展开最后一搏，夺回地球和神堡。在伦敦进行了长时间的艰苦战斗后，尽管被最强大的收割者先驱者严重击伤，但薛帕德仍然抵达了收割者的传输光束并进入神堡。
薛帕德在一个控制面板处与安德森碰面，但安德森遭到幻影人劫持并被其射杀。幻影人或被薛帕德杀死，或确信自己被教化而自杀。无论如何，安德森都会在此过程中丧生。薛帕德试图启动擎天炉，但仅被运载到神堡的顶端，那里出现了一个孩子模样的人工智能。它宣称自己是催化剂以及收割者的创造者。
2、蓝光结局
薛帕德被阿莎丽议员召唤到神堡[。议员告诉薛帕德在她们的母星瑟西亚上有一个隐藏的普洛仙神器，可能有助于薛帕德找到“催化剂”——完成擎天炉所需的重要部件。薛帕德在那里发现了一个名为“温德特”（Vendetta）的普洛仙虚拟智能（VI），但冷凯到达并抢走了它，与此同时瑟西亚星被收割者攻占。
薛帕德急需回收温德特，跟随冷凯前往地平线（Horizon）人类殖民地，塞伯鲁斯一直在那里研究控制收割者的技术。薛帕德获得了一个指向塞伯鲁斯总部的追踪设备，与星联共同发起对基地的全面攻击。薛帕德到达中央基地，杀死了冷凯，并从温德特那里得知催化剂是神堡。后使用合成元素合成所有的有机生命，反之亦然，以实现彼此的完美理解。
扩展资料：
一、剧情设定
人类故乡太阳系的母星地球危在旦夕，在一个遥远的宇宙外，一群可怕的机器种族开始了他们消灭人类的任务。指挥官的约翰·薜帕德（John·Shepard），作为联盟的一名海军陆战队员兼唯一的人类精英幽灵，将担负起拯救地球的重任，他将寻求与宇宙内的所有文明联合起来对抗这个神秘的外来种族。同前两部一样，《质量效应3》将根据玩家做出的不同选择延伸出不同的情节。
二、游戏背景
《质量效应》系列从第一代起就是围绕着指挥官薛帕德在外星球展开的故事。玩家通过操控指挥官薛帕德做出楷模或者叛逆的抉择来打造自己的星际英雄。在游戏中，玩家可以探索外星球，拜访外星人，还可以在自己的飞船上来上一段罗曼蒂克。
《质量效应3》作为三部曲的第3部作品，还不清楚是不是系列的收山之作，不过根据BioWare在VGA上放出的第一个预告片，可以清楚的看到战火已经烧至人类故乡地球，这次玩家就要作为指挥官薛帕德带领他（或她）的队伍再一次拯救全人类，不过这一次不是在外太空，而是在故乡地球。
