工程款支付流程一般为施工单位在工程结算时开具建筑业统一发票，到建设单位结算工程款。
一般工程建设过程中，建设方无需缴纳营业税，需要按照工程合同金额缴纳印花税，待该工程项目出售后需要缴纳营业税，土地增值税，如果自用需要按照房产原值缴纳房产税；
对于施工单位需要就结算的工程价款缴纳营业税和企业获得的利润缴纳企业所得税，如果总包方有分包企业，缴纳营业税时可以抵扣分包价款。
1、施工单位根据上月完成工程量，填报申请支付表；
2、交总监理工程师审核；
3、建设方审定；
4、项目所在税务部门交税（营业税、所得税等）开发票；（也有甲方扣税的）
5、建设方法人代表在发票签字同意支付；
6、建设方财务部门转账支付。
扩展资料：
一般规定
（1）土地增值税只对“转让”国有土地使用权的行为征税，对“出让”国有土地使用权的行为不征税。
（2）土地增值税既对转让国有土地使用权的行为征税，也对转让地上建筑物及其它附着物产权的行为征税。
（3）土地增值税只对“有偿转让”的房地产征税，对以“继承、赠与”等方式无偿转让的房地产，不予征税。不予征收土地增值税的行为主要包括两种：
①房产所有人、土地使用人将房产、土地使用权赠与“直系亲属或者承担直接赡养义务人”。
②房产所有人、土地使用人通过中国境内非营利的社会团体、国家机关将房屋产权、土地使用权赠与教育、民政和其他社会福利、公益事业。
参考资料来源：百度百科-土地增值税
