一个外资企业原来在国内办厂，后来三旧改造想搞房地产，增加房地产开发资质，商务部哪个司批呢

应该是不需要商务部批准，外资需要在国内注册成立房地产开发公司，或现在的公司注资成立子公司（房地产开发公司），然后办理相应开发资质后，即可搞商业开发。如果是采用国外投资，那就要涉及到注册资金的来源问题，这要通过外汇管理局的审批。
程序如下：1、通过土地交易市场取得土地；2、到发改委办理项目核准；3、到商务局办理投资核准；4、到工商局办理外资企业登记手续；5、到外汇管理局、国税、地税办理相关手续6、取得土地证后即可正式开发。过程说的简单些，商务局的事情可能会多些。