三峡工程的负面影响除了生态环境问题还有人文影响。
在水库满蓄水后，三峡的峡谷感将会受到一定程度削弱，同时三峡周边在古代是巴文化和楚文化的交汇地。水库淹没区已探明的文物点有1200多个，从1992年起文物部门便开始进行抢救性发掘，预计可在2009年蓄水完成前抢救、保护完毕。
此外，政府还对其中的全国重点文物保护单位和其他重要古建筑文物设立专案、拨给专款予以保护。
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环境影响
三峡工程影响环境来自于水库的污染。三峡两岸城镇和游客的排放的污水和生活垃圾，都未经处理直接排入长江。
在蓄水后，由于水流静态化，污染物不能及时下泻而蓄积在水库中，因此已经造成了水质恶化和垃圾漂浮，并可能引发传染病，部分城镇已在其他水源采集生活用水，同时大批移民开垦荒地，也加剧了水体污染，并产生水土流失的现象。
对此，当地政府正在大力兴建污水处理厂和垃圾填埋场以期解决污染问题，如果发现污染过于严重，也可能会采取大坝增加下泄流量来实现换水。
三峡工程将会对周边生态造成冲击，因为有大坝阻隔，鱼类无法正常通过三峡，它们的生活习性和遗传等会发生变异。三峡完全蓄水后将淹没560多种陆生珍稀植物，但它们中的绝大多数在淹没线以上也有分布，只有疏花水柏枝和荷叶铁线蕨两种完全在淹没线以下，现均已迁植。
参考资料来源：百度百科——三峡工程
