放心的勾选确认吧，前提是你收到了该张增值税专用发票，并确认其记录的经济活动“真实、合法、有效”。
勾选平台上的可勾选的发票包含三证合一、新旧税号的发票数据，主管税务机关会在各省电子底账系统中进行新旧税号关联，关联之后即可对新旧税号的发票进行正常查询、勾选、确认。在发票认证平台能找到老税号的增值税专用发票，说明在本省的税务机关已对你公司的新旧税号在增值税新系统中已进行了电子底账系统中关联处理。当然可以勾选确认，并且可以抵扣进项税额。
三证合一后，首先更新开票系统，其次拿着自己原来的三证合一前的复印件或者扫描件 去税务大厅进行更新，再去地税更新。更新完之后开出来的发票和发票认证没有问题了。再去银行跟新资料就可以了。
切记：不要认为工商信息更新了，对税务没有影响。前面说反了，最后是跟新开票系统，更新的时候通知开过票的，让他们去认证发票
