边防派出所，是设立在沿海、边境、口岸等地区的公安机关执法组织，公安边防派出所隶属公安部边防管理局。按照公安管理武警编制的方针，人员按照武警现役人员管理制度。
公安派出所，是公安系统的基层组织，是上级公安机关（市、县公安局）的派出机构。由于公安局是公安机关的组织形式，是主管公安工作的政府下设职能部门。受所在地政府、上级公安机关双重领导，因此，公安派出所也是受地方政府和上级公安局双重管理，人员市局地方公务员编制。
因此，可以看出，边防派出所与公安派出所是有区别的，其区别在于：
一、机构编制不同。边防派出所是武警编制，公安派出所是地方编制。
二、人员身份不同。边防派出所人员是现役军人，公安派出所人员是国家公务员。
三、经费来源不同。边防派出所的的经费来源是由国家军费列支，公安派出所的经费来源只要是地方政府拨款。
四、部门职能不同。边防派出所的主要任务是以反走私、反偷渡，维护边境安全和国家利益为主要任务，公安派出所的主要任务是维护社会治安，开展社会治安综合治理。
