沈阳药科大学的专业有药学、药物制剂、药物分析、国家理科基础药学基地班（八年制本硕博连读）、药学（日语强化班，五年制、药学（英语强化班，五年制）、制药工程、环境科学、应用化学、药物化学、中药学、中药资源与开发、药学（食品药学）、中药制药、葡萄与葡萄酒工程、中药学（日语强化班，五年制）、生物工程、临床药学（五年制）、生物技术制药、生命科学与技术基地班（六年制本硕连读；前两年半在吉林大学进行基础科目学习，第六学期回该校进行研究生课程学习）、工商管理、市场营销、国际贸易与经济、药事管理、生物医学工程。
该校最好的专业是药学，药学的基地班、强化班都比较受欢迎。药物制剂、中药学、药物分析、药物化学、生物技术制药也都是特色专业，也是录取分数线相对较高的专业。
